Только 46 Негосударственных пенсионных фондов вошли в систему гарантирования прав застрахованных лиц в системе обязательного пенсионного страхования. Система гарантирования прав застрахованных лиц действует в России с 1 января 2015 года. Негосударственные пенсионные фонды, принявшие решение об участии в системе гарантирования, до 31 декабря 2015 года имели право представить в Банк России ходатайство о вынесении заключения об их соответствии требованиям к участию в системе гарантирования. Система гарантирования создана для обеспечения прав и законных интересов застрахованных лиц и установления ответственности всех участников рынка обязательного пенсионного страхования за сохранность средств пенсионных накоплений.

Агенство по страхованию вкладов возмещает недостаток средств пенсионных накоплений. В системе гарантирования предусмотрено формирование резерва по обязательному пенсионному страхованию  фондом-участником для восполнения недостаточности средств пенсионных накоплений застрахованному лицу при наступлении гарантийных случаев. Негосударственный пенсионный фонд — это организация, занимающаяся пенсионным обеспечением граждан по обязательному пенсионному страхованию в части формирования накопительной пенсии. Негосударственные пенсионные фонды, не вошедшие в систему гарантирования, лицензия которых аннулирована или в отношении которых введен запрет на деятельность по обязательного пенсионного страхования, обязаны передать пенсионные накопления застрахованных лиц в Пенсионный фонд России и прекратить деятельность по обязательному пенсионному страхованию. Страховщиком этих застрахованных лиц становится ПФР, а пенсионные накопления передаются для инвестирования в расширенный портфель инвестиционных бумаг государственной управляющей компании Внешэкономбанк.

Главным администратором, или страховщиком, в системе обязательного пенсионного страхования является Пенсионный фонд России. Он управляет пенсионными средствами в системе обязательного пенсионного страхования.